Los equipos de futsal de la sede San Marcos nacen en el 2005, gracias a la colaboración del Programa Arte Deporte y Recreación de la universidad, funcionaras de la sede y población estudiantil interesada en la práctica de esta disciplina.

EQUIPO FUTSAL FEMENINO

El equipo femenino de futsal San Marcos tiene su origen en mayo del 2005, integrado por diez estudiantes que en ese momento cursaban una carrera y estaban dispuestas a formar parte de la organización estudiantil de la sede.  En el gimnasio del Liceo de Tarrazú se realizaban los entrenamientos una vez a la semana durante dos horas.
Fue gracias a la colaboración de dos estudiantes Dinier Castro Badilla y Luis Cruz Navarro que asumieron la dirección técnica del grupo e intentaron incentivar conocimiento de futsal.
El equipo tuvo su primera participación en un torneo Relámpago con sede en Ciudad Neilly, evento organizado por el Programa de Arte Deporte y Recreación de la universidad en junio, 2005.  Fue una gran experiencia para el grupo disputaron partidos con Palmares y Nicoya equipos que  tenían trayectoria en la UNED.
Después de dicha participación nuevas estudiantes se unieron y se comenzó con los trámites para incorporar al grupo en el Programa de Deporte de la universidad, lo que significaba una beca deportiva para las participantes.

Actualmente el equipo cuenta con dieciséis años de recorrido, alrededor de quince jóvenes se mantienen asistiendo a los entrenamientos y participando de lleno en el torneo interno anual que establece la universidad y en los campeonatos que se llevan a cabo en la zona de Los Santos. 
Es importante mencionar que la colaboración de personas como Randall Gamboa Fernández, Freddy Araya Mora, Mario Araya Mora, Fabián Calderón Mora, Luis Felipe Araya Picado, David Calvo Mora y Carlos Clark Cordero quienes cumplieron la función de Director Técnico en su momento, permitieron la consolidación del equipo.  Actualmente el entrenador es el Sr. Bryan Andres Calvo Naranjo.

Algunas integrantes del equipo han logrado ser convocadas a la selección de futsal de la UNED y conseguir la participación en eventos importantes como JUNCOS y JUDUCA.
Son muchas las jóvenes que se han graduado y durante toda su carrera universitaria formaron parte del equipo, ya que encontraron en el grupo un espacio para fortalecer habilidades y valores como la disciplina, el respeto y la solidaridad que ha sido clave para lograr sentido de pertenencia.
El papel de la sede universitaria ha sido fundamental, porque existe un acompañamiento en las actividades propias del equipo, además las estudiantes reconocen y aprecian los espacios de vida estudiantil que la universidad ofrece, no solo les permite tener acceso a educción superior, sino también, a escenarios que promueven la salud física y mental.

EQUIPO FUTSAL MASCULINO

El equipo masculino de San Marcos inicia en julio del 2005, con un grupo de doce muchachos que cursaban una carrera en la UNED y tenían la ilusión de practicar la disciplina y desarrollar las habilidades necesarias para representar a la sede en los eventos deportivos correspondientes.
En el gimnasio del Liceo de Tarrazú realizaban los entrenamientos, una vez a la semana durante dos horas, donde los integrantes hacian  un esfuerzo extra  para llegar a cumplir con el entrenamiento, algunos tenían horarios de trabajo extensos o incluso su domicilio era alejado.
Este grupo se preparó durante tres meses para participar en el primer torneo interno que organizó la universidad con sede en Nicoya, el primer entrenador del equipo fue el Sr. Randall Gamboa Fernández, quién además estuvo a cargo de ambos equipos por más de dos años.Varios de los estudiantes que formaron parte del equipo actualmente son profesionales, cursaron toda la carrera en la UNED gozando de beca deportiva, el equipo les permitió disfrutar, compartir, aprender y conocer otras sedes universitarias.

Otros entrenadores que asumieron la dirección del equipo durante los dieciséis años de trayectoria han sido:
Freddy Araya Mora, Francisco Godínez Porras, Andrés Pereira Barboza, Maykol Quesada Abarca, Geovanny Castillo Navarro y Bryan Andres Calvo Naranjo (actual D.T).