El Consejo de Centros se crea por el Consejo Universitario, en sesión N°. 1491-2001 y ratificado en sesión 1504-2001. Son reuniones mensuales que celebra el Director/a de Centros Universitarios con los Administradores/as que representan a las regiones (Central (dividida en 2 este y oeste), Pacífico Central, Chorotega, Huetar Norte, Brunca y Huetar Atlántica) en ellas se socializan propuestas para mejorar el quehacer de los Centros en las áreas administrativas y académicas para atender las necesidades del CEU y de los estudiantes.