Las primeras acciones formales de vinculación orientadas hacia las comunidades indígenas datan en la UNED desde abril de 1999.  El Consejo Universitario, en sesión 1382-99 art. 3 nombró una comisión cuyo objetivo era plantear acciones y propuestas para abrir posibilidades de estudio a la población indígena nacional, en coordinación con la Comisión Nacional de Asuntos Indígenas (CONAI).  Luego, en junio de ese mismo año, se integran a dicha comisión la Dirección de Asuntos Estudiantiles (DAES), la Dirección de Extensión (DIREXTU) y la Escuela de Educación, con base en el acuerdo de la sesión 1398-99 art. 4 del Consejo Universitario 

En febrero del 2001 se da continuidad a esta iniciativa por parte del Consejo de Rectoría (CONRE) en acuerdo de la sesión 1181 art. 17.  Al conocer la propuesta de la DIREXTU sobre el proyecto para la comunidad de Chirripó, se reactiva la comisión integrándola con 6 funcionarios, un coordinador y designando como asesora a María Eugenia Bozzoli.  A esta comisión le solicitan elaborar un proyecto de vinculación con las comunidades indígenas costarricenses. En setiembre del 2001 el CONRE cambia la coordinación e integra a la funcionaria Msc. Iris Amalia Ramírez de la DAES, según acuerdo de la sesión 1121 art. 6.

En el período 2001-2003 continuaron las acciones con la presentación al CONRE del proyecto elaborado por la comisión.  Fue en octubre del 2001 que se firmó Convenio Marco de Cooperación con la Asociación para el Centro de Capacitación y de Desarrollo de Talamanca Finca Educativa, iniciándose una labor de promoción en Talamanca, con el establecimiento de contactos con líderes y asociaciones organizadas de las comunidades indígenas.  A partir de dicho vínculos surgió la propuesta de apertura de un centro modelo autogestionario o aula descentralizada en la Finca Educativa, proyecto que fue coordinado por la Vicerrectoría de Planificación.

No obstante que la comisión se disolvió en el 2005, en la Universidad han continuado desarrollándose proyectos dirigidos hacia la atención de poblaciones indígenas en diferentes zonas del país. Al respecto, la DIREXTU promuevió una iniciativa para integrar y coordinar estos esfuerzos institucionales.

La apertura de la subsede en Shiroles de Talamanca, en febrero del 2006, constituye un hecho relevante que fortalece el vínculo entre la UNED y la población indígena. En ese momento existía un  Convenio Marco de Cooperación con la Asociación para el Centro de Capacitación y de Desarrollo de Talamanca Finca Educativa; el mismo presentaba limitaciones para el Desarrollo de las unidades  Institucionales, por lo que se procedió a actualizar este marco de acción con el objetivo de diversificar y ampliar la gama de servicios que ofrece la UNED. Esto se logra a través  de la firma de un nuevo convenio el 25 de agosto del 2007.

http://www.uned.ac.cr/convenio/ConvenioUNED-FincaEducativaShiroles.shtml

De forma paralela, el Consejo Universitario aprueba en sesión 1868-2007 ARTÍCULO IV, inciso 5), 15 de junio 2007  de este mismo año, las políticas Institucionales para atención de Pueblos Indígenas. El objetivo principal de estas políticas consiste en la contextualización de todos los programas académicos, investigación, extensión y capacitación a la realidad de los pueblos indígenas.

La instalación de esta subsede Shiroles, incentivó la realización de un estudio de factibilidad que dictaminó la importancia de transformar la subsede Shiroles en un Centro universitario, por lo que el Consejo de Rectoría aprueba que para el 08 de diciembre del 2008 se creara el Centro Universitario Talamanca.