El Consejo Universitario es el órgano directivo superior de la Universidad. Dentro de sus funciones están proponer a la Asamblea Universitaria las modificaciones al Estatuto Orgánico que considere convenientes, determinar las políticas de la Universidad, aprobar los programas docentes, de investigación y de extensión; así como aprobar, reformar e interpretar los reglamentos, conforme con lo estipulado en el Estatuto Orgánico, entre otras.

Según el artículo 16 del Estatuto Orgánico de la UNED, el Consejo Universitario está conformado de la siguiente manera: 

• Rector
• Tres miembros electos por la Asamblea Universitaria Plebiscitaria, que no son funcionarios de la Universidad
• Cuatro miembros internos, electos por la Asamblea Universitaria Plebiscitaria
• Un representante estudiantil electo por la Asamblea General de la FEUNED.

Los vicerrectores y el auditor podrán asistir a las sesiones del Consejo Universitario con derecho a voz.