El Consejo Universitario es el órgano directivo superior de la Universidad.

Le corresponden las siguientes funciones:

a) Proponer a la Asamblea Universitaria las modificaciones al Estatuto Orgánico que considere convenientes;

b) Determinar las políticas de la Universidad, aprobar los programas docentes, de investigación y de extensión; así como aprobar, reformar e interpretar los reglamentos, conforme con lo estipulado en este Estatuto .

c) Nombrar a los Vicerrectores a propuesta del Rector y removerlos de sus cargos, también a propuesta del Rector por al menos dos terceras partes del total de los votos. En este caso, los Vicerrectores gozarán, como funcionarios, de la estabilidad que consigne el Régimen de Carrera Universitaria;

ch1) Nombrar por votación de al menos dos terceras partes del total de sus miembros a los Directores y Jefes de las Unidades Académicas, por períodos definidos de cuatro años

ch2) Nombrar a los Directores y Jefes de las Unidades Administrativas, por votación de al menos dos terceras partes del total de sus miembros. (Modificado por voto de la Sala Constitucional N.2016-018087 de las once horas y diez minutos de siete de diciembre de dos mil dieciséis, según edicto de la Sala Constitucional publicado en La Gaceta del 21 de marzo del 2017) .

ch3) Remover de sus cargos por justa causa debidamente comprobada, a los funcionarios incluidos en los incisos ch1) y ch2), de este artículo, con votación de al menos dos terceras partes del total de sus miembros.

ch4) Que los nombramientos señalados en los incisos ch1) y ch2) podrán ser renovados por una única vez, previa participación en la lista de elegibles correspondiente.

ch5) Nombrar al Auditor por tiempo indefinido, por votación de al menos dos terceras partes del total de sus miembros. Asimismo, suspender o remover al Auditor, por causa justa, conforme a lo establecido en el Art. 15 de la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República y con una votación de al menos las dos terceras partes del total de sus miembros.

d) Adjudicar la licitaciones públicas con arreglo a las leyes y a las disposiciones reglamentarias

e) Autorizar la celebración de convenios y contratos en aquellos casos en los que la ley o los reglamentos así lo requieran

f) Proponer a la Asamblea Universitaria, previo estudio técnico, la creación o supresión de las Vicerrectorias por votación afirmativa de, al menos, dos terceras partes de la totalidad de sus miembros;

g) Aprobar y modificar el Manual de Organización y Funciones de la Universidad por votación afirmativa de, al menos, dos terceras partes de sus miembros. La Universidad funcionará de acuerdo con los dispuesto por dicho manual;

h) Aprobar la creación o supresión de las unidades académicas, administrativas y técnicas de la Universidad, previo estudio técnico por votación afirmativa de, al menos, dos terceras partes de sus miembros;

i) Aprobar la enajenación de los bienes muebles e inmuebles de la institución y de los muebles, de acuerdo con las disposiciones legales, estatuarias y reglamentarias;

 j) Acordar los presupuestos de la institución y sus modificaciones, a propuesta del Rector;

k) Mantener una comunicación directa y frecuente con las distintas unidades que integran la Universidad;

l) Crear comisiones de trabajo con miembros de su seno o con personas ajenas al Consejo;

ll) Agotar la vía administrativa; y

m) Cualesquiera otras que señalen el Estatuto y los reglamentos.