El plan de estudios del programa de Maestría en Derechos Humanos está diseñado para otorgar una maestría profesional. Se ha estructurado en cuatro ciclos cuatrimestrales al final de los cuales los estudiantes deben presentar un trabajo final de graduación.

La modalidad de este programa de maestría será a distancia y presencial. Los estudiantes recibirán al inicio de cada ciclo todos los materiales didácticos respectivos. Las clases presenciales están organizadas como seminarios para discutir, analizar, estudiar casos, exponer investigaciones, etc. Los estudiantes, como parte de su formación, deberán asistir a dos ciclos de conferencias sobre temas de actualidad vinculadas con el objeto de estudio de la maestría.

La maestría tendrá un total de sesenta y dos créditos.